■オブジェクトの置き換え事前準備

1. シーンRenディレクトリをシーンYunaディレクトリに複製してRenameする。（私の場合）
2. オブジェクトのディレクトリとイメージディレクトリも同様にRenameする。
3. シーンオブジェクトのサブディレクトリもRenからYunaへ変更する。

1. 置き換えるシーンファイルを読み込む。
   ここではシーンはYunaファイルの中にある（複製コピーしたのでRenのままのはず）Ren.lwsをレイアウトを起動してシーンYunaディレクトリからRen.lwsを読み込み、別名保存でYuna.lwsにする。なおこの変更はなにか後で不都合が起こることを避けるためのものであり、必要の無い作業かもしれませんが。
   
2. レイアウトのオブジェクトの置き換えにて、新しいオブジェクトをレイヤーで置き換える。(なおInfoの変形->変位プラグインは置き換える前のものが適用されて残っている。)
   
3. そのオブジェクトの変位プラグインであるmessiahを起動します。
   RenがYunaに置き換わっているが、ボーンの変形は適用されていない。つまりBone_DeformeはRenのままです。
   各オブジェクトをレイアウトにてオブジェクトの置き換えをレイヤーで行います。
   
4. そしてMessiahに移動します。
   このときはまだRenのオブジェクトのままのはずです。
   そこでSetup、Fileタブに移動するとMessiahが認識をします。
   しかしこのlwsのMessiah設定は目のオブジェクトだけ、少し適用方法が違いました。
   目がなくなってる！？
   というのも以前のレイアウトでMessiahを設定しましたが、再度messiahで読み込みなおしました。 つまりレイアウトとMessiahの2重登録が必要だったということです。 オブジェクトの入れ替えのそのときは、正常に表示されているのに、保存後、再度作業を使用とシーンファイルを読み出すと目がオブジェクトとして読み込まれているのに、表示されていないことがありました。
   この方法以外には、replaceがあります。
   何度かレイアウトとmessiahとを行き来して、設定が変わったことを確認し、別名保存します。
   
   
   Setupで忘れないようにHeadを180にする。これは単にボーンの子にしたときに目が前方を向いていないからです。

■ちょっと前置き
Messiahで作成したExpressionやボーンを再利用するためにオブジェクトの入れ替えを行います。

＜利点＞

1. ボーンの入れ込みが利用できる
2. 配置の再作業が少ない
3. Expression設定が少なくてすむ（または設定がずっとスタックできる。）
4. 再利用により手間が減らせる。

＜オブジェクトの入れ替えに適さない条件＞
顔、体の構造が大きく変わっている。ボーンの設定をやり直す必要が出てくるMorphBlenderを適用しているとき、MorphBlender用のオブジェクトも作り直す必要がある。（これは多いでしょう。すべてをボーンでまかなえるとよいのでしょうが。）

＜レイアウトとMessiahによるオブジェクトのおきかえによる注意＞
オブジェクトの作成において別名保存が頻繁にできない可能性がありました。2,3回はありました。
これはレイアウトとモデラーの場合はHUBを使用して、モデラーで別名保存をするとレイアウトにも反映されるため、オブジェクトのバージョン管理をレイアウトとあわせて行うことができました。しかしmessiahを適用していると、モデラーでの変更をレイアウトが正しくMessiahに伝えることができないのか、レイアウトでの保存や別名保存ができずに、現在の状態すら保存ができないことがありました。
詳しくどれが原因かをつきつめていないので、わかりません。
もしかしてHUBを起動していることに起因しているのでしょうかね。